En 1960 profesores de Física y Matemáticas tuvieron el objetivo de crear un departamento de estudios Físicos-Matemáticos, el cual fue reconocido por el Consejo Universitario de la Universidad Autónoma de Yucatán en 1962. Sus objetivos principales fueron "promover la afición y el estudio de ambas ciencias mediante cursillos, conferencias, publicaciones, etc., así como mejorar la enseñanza principalmente de las Matemáticas, de acuerdo con las corrientes de la didáctica moderna”. Finalmente, el 20 de Septiembre de 1963 se fundó la Facultad de Matemáticas. Fue fundada por el entonces Rector de la Universidad de Yucatán, Abog. Francisco Repetto Milán. Se ha ubicado en diferentes instalaciones hasta que en mayo de 2003 se trasladó al Campus de Ciencias Exactas e Ingenierías.

El Consejo Estudiantil de la Facultad de matemáticas alusivo al aniversario organiza actividades en los ámbitos académicas, sociales, culturales, salud, deportivas y de integración social, como lo marca el MEFI (Modelo Educativo para la Formación Integral) de la Universidad autónoma de Yucatán, sin fines de lucro.